ForHosting KIT · 開発者向けツール

塩基対数からDNAらせんの回転数を計算

このDNAらせん回転数計算ツールは、塩基対で表したDNA分子の長さを、対応するらせん回転数へ換算します。B型DNAで一般的に用いられる1回転当たり10.5塩基対という近似を採用し、結果とともに前提および式を表示します。0以上の整数の塩基対数をご入力いただくと、実験室での概算、教材、プロトコル記録、再現可能なソフトウェア処理に利用できる決定論的な値が得られます。配列情報は不要であり、実験条件からDNAの立体構造を推定するものではありません。

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ご利用方法ウェブAPIメールTelegramアプリ近日

DNAの長さを塩基対数でご入力ください

DNA分子全体の長さを、塩基対の整数値としてご入力ください。直鎖状断片の場合は、通常、配列解析、制限酵素地図、アセンブリ、または電気泳動による推定で得られた断片サイズを使用します。環状プラスミドの場合は、バックボーンと挿入配列をすべて含む全長をご使用ください。塩基対で表す分子長は離散的な個数であるため、本ツールは数学的な境界値として0を受け付けますが、負数、小数、数値以外の値、および安全に扱えない整数は受け付けません。一本鎖のヌクレオチド数は、その数が対象とする二本鎖分子の対合位置数に直接対応する場合を除き、入力しないでください。分子量、未換算のキロ塩基、物理的な輪郭長も入力対象ではありません。キロ塩基は1000を掛けて塩基対へ換算してからご入力ください。長さの出典と単位を明確にすることで、単純な単位の誤りによって結果が10倍または1000倍ずれることを防げます。

10.5塩基対という前提をご確認ください

入力した塩基対数を、B型DNAの平均的ならせん周期として広く用いられる10.5で割ります。たとえば、この近似では105塩基対が10回転に相当します。小数の結果にも意味があり、平均的な回転量を表します。すべての分子が整数回転で終わるという意味ではありません。確認や記録がしやすいように、固定係数と読みやすい式も結果に含まれます。10.5という値は理想化した慣例であり、入力された分子を実測した値ではありません。実際のらせん周期は、塩基配列、水和状態、塩濃度、温度、ねじれ応力、タンパク質結合、インターカレーター、トポロジーなどによって変化します。A-DNAやZ-DNAなどの構造は形状が異なるため、この係数では解釈できません。目的にB型DNAの近似が適する場合にご使用いただき、結果を報告または比較する際には、この前提も併記してください。

目的に合った精度で結果をご利用ください

算出された回転数は、前提が明示された幾何学的な概算としてお取り扱いください。断片長の比較、回転位相の説明、教材の作成、コンストラクト設計の注釈、データ処理への一貫した派生値の追加などに役立ちます。2つの部位が約10.5塩基対の整数倍だけ離れている場合、単純化したモデルでは回転方向がおおむねそろい、半回転分ずれる場合はおおむね反対側に位置します。ただし、この計算だけでは屈曲、接近しやすさ、プロモーター活性、ヌクレオソーム配置、スーパーコイル、タンパク質とDNAの相互作用は予測できません。これらには配列の文脈と、実験または詳細な構造解析が必要です。特に短い断片では、1塩基対がほぼ0.1回転に当たるため、入力値を丸めないでください。最終値は用途上妥当な桁数に限って丸めてください。APIは自動処理向けに安定した数値を返し、係数と式によって確認も容易です。APIによる計算1件の料金は$0.002で、同じ決定論的計算を対話形式でもご利用いただけます。

活用例

DNA断片の回転数を概算

アンプリコン、制限酵素断片、またはアセンブル済み配列の長さを、B-DNAのおおよそのらせん回転数へ換算します。

回転方向の間隔を比較

2部位間の塩基対距離を、10.5塩基対という統一した前提で整数回転および小数回転に対応付けます。

コンストラクト注釈を自動化

プラスミド記録、教材データ、実験室の計算処理に、再現可能ならせん回転数を追加します。

よくある質問

どのような式で計算しますか？

らせん回転数 = 塩基対数 / 10.5という式を使用します。

1回転を10.5塩基対とする理由は何ですか？

10.5は、一般的な条件におけるB型DNAの平均らせん周期として広く使われる近似値です。

回転数が小数になってもよいですか？

はい。小数部分は、最後の完全な1回転を超えた平均的な回転量を表します。

A-DNAやZ-DNAにも使用できますか？

いいえ。これらはらせん形状が異なるため、B型DNA向けの固定近似は適用できません。

塩基対とキロ塩基のどちらを入力しますか？

塩基対でご入力ください。キロ塩基の長さは、使用前に1000を掛けて換算してください。

API計算の料金はいくらですか？

APIリクエスト1件の料金は$0.002です。

開発者向け — APIアクセス

このページの機能はすべてAPIからも利用できます。自社システムに組み込みたいチーム向けのセクションです。それ以外の方は上のツールをそのままお使いください。

エンドポイント

POSThttps://api.kit.forhosting.com/bio/dna-helical-turns

Bearerトークンで認証し、POST1回でタスクをキューに登録します。結果はWebhookまたは署名付きリンクで受け取れます。

お使いのスタックから呼び出す

curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/dna-helical-turns \
  -H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"base_pairs":1050}'

const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/dna-helical-turns", {
  method: "POST",
  headers: {
    "Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
    "Content-Type": "application/json"
  },
  body: JSON.stringify({
    "base_pairs": 1050
  })
});
const { task_id } = await res.json();

import os, requests

res = requests.post(
    "https://api.kit.forhosting.com/bio/dna-helical-turns",
    headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
    json={
    "base_pairs": 1050
},
)
task_id = res.json()["task_id"]

<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/dna-helical-turns", false, stream_context_create([
  "http" => [
    "method"  => "POST",
    "header"  => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
    "content" => '{"base_pairs":1050}',
  ],
]));
$task = json_decode($res, true);

body := bytes.NewBufferString(`{"base_pairs":1050}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/dna-helical-turns", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)

リクエスト例

{
  "base_pairs": 1050
}

レスポンス例

{
  "task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
  "type": "bio.dna_helical_turns",
  "status": "queued",
  "_links": {
    "result": "/tasks/tsk_…/result"
  }
}

非同期APIです。task_idは即時に返ります。ポーリングは1秒あたり1リクエストまでです。

料金

1リクエストあたり$0.002

単価はすべて公開しています。トークン換算や独自クレジットはありません。失敗したタスクは課金されません。

エラー

HTTP	コード	意味
`401`	`unauthorized`	APIキーが無効か、指定されていません。Authorizationヘッダーを確認してください。
`402`	`insufficient_balance`	残高が不足しています。チャージ後に再度お試しください。
`404`	`unknown_type`	指定されたタスクタイプは存在しません。タイプ名を確認してください。
`429`	`rate_limited`	リクエストが多すぎます。しばらく待ってから再度お試しください。

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