Rechner für die genetische Rekombinationsfrequenz

Geben Sie die Zahl der rekombinanten Nachkommen und die Gesamtzahl der ausgewerteten Nachkommen ein; der Rechner wendet die Standardformel für die beobachtete Häufigkeit an. Das Ergebnis enthält die rekombinante Zahl, die daraus abgeleitete nicht rekombinante Zahl und die Rekombinationsfrequenz in Prozent. Damit können Sie Genetikaufgaben prüfen, Kreuzungsdaten zusammenfassen und den ersten Schritt einer Kopplungsanalyse ohne wiederholte Handrechnung vorbereiten.

Bestimmen Sie vor der Berechnung die Rekombinanten

Entscheiden Sie zuerst, welche Nachkommenklassen für die beiden Loci der Kreuzung rekombinant sind. Bei einer typischen Testkreuzung stellen die häufigsten Phänotypklassen meist die elterlichen Kombinationen dar, während die selteneren reziproken Klassen den Rekombinanten entsprechen. Addieren Sie sämtliche rekombinanten Klassen und anschließend alle beobachteten elterlichen und rekombinanten Klassen zur Gesamtzahl. Der Rechner erwartet diese beiden zusammengefassten Werte und keine Liste einzelner Phänotypen; die Zuordnung bleibt daher eine biologische und experimentelle Entscheidung. Berücksichtigen Sie beide reziproken rekombinanten Klassen, auch wenn ihre Zahlen aufgrund von Stichprobenschwankungen voneinander abweichen. Entfernen Sie keine gültigen Beobachtungen, nur um gleiche Klassengrößen zu erhalten. Die Gesamtzahl muss dieselbe ausgewertete Population beschreiben wie die rekombinante Zahl. Falls einzelne Nachkommen nicht zuverlässig klassifiziert werden können, legen Sie vor der Auswertung eine Ausschlussregel fest und wenden Sie diese auf beide Zahlen einheitlich an. Die Berechnung kann einen falsch eingeordneten Phänotyp nicht erkennen.

Verstehen Sie den Prozentwert und seine Grenzen

Die Rekombinationsfrequenz ergibt sich aus der Zahl rekombinanter Nachkommen geteilt durch die Gesamtzahl und anschließend mit hundert multipliziert. Achtzehn Prozent bedeuten beispielsweise, dass dieser Anteil der ausgewerteten Nachkommen rekombinante Kombinationen der beiden Marker besitzt. In einer klassischen Zweipunkt-Kopplungsanalyse sprechen niedrige Häufigkeiten für näher beieinanderliegende Loci. Ein Wert nahe fünfzig Prozent passt zu unabhängiger Verteilung oder zu so weit entfernten Loci, dass mehrfache Crossing-over-Ereignisse die Kopplung verdecken. Der Prozentwert ist eine Statistik der beobachteten Stichprobe und kein direktes Protokoll jedes Crossing-over. Doppelte und andere geradzahlige Ereignisse können die elterliche Markeranordnung wiederherstellen und dadurch ungezählt bleiben. Deshalb darf die Häufigkeit nicht über alle Bereiche hinweg als exakte physische Distanz verstanden werden. Nur bei relativ kurzen Intervallen, in denen unerkannte Mehrfachereignisse selten sind, dient sie häufig als Näherung der Kartendistanz in Centimorgan. Der Rechner gibt bewusst nur die Häufigkeit aus und verwendet weder eine Kartierungsfunktion noch behauptet er eine Chromosomendistanz.

Prüfen und berichten Sie das Ergebnis sorgfältig

Kontrollieren Sie vor der Verwendung, dass die rekombinante Zahl die Gesamtzahl nicht übersteigt und dass die Gesamtzahl größer als null ist. Der Rechner erzwingt beide Bedingungen und akzeptiert nur nichtnegative ganze Zahlen, da Nachkommen diskrete Beobachtungen sind. Als zusätzliche Konsistenzkontrolle liefert er die abgeleitete Zahl nicht rekombinanter Nachkommen: Zusammen mit der rekombinanten Zahl muss sie der eingegebenen Gesamtzahl entsprechen. Geben Sie genügend Stellen an, um die Berechnung nachvollziehbar zu machen, ohne eine unrealistische Genauigkeit anzudeuten. Das Werkzeug rundet erst nach sechs Dezimalstellen; ein Laborbericht kann abhängig von der Stichprobengröße weniger Stellen verwenden. Nennen Sie die zugrunde liegenden Zahlen neben dem Prozentwert, damit ein Ergebnis aus zwanzig Nachkommen von demselben Prozentsatz aus zweitausend Nachkommen unterschieden werden kann. Berücksichtigen Sie außerdem Stichprobenunsicherheit, Kreuzungsdesign, Lebensfähigkeit, Auswertungsfehler und die korrekte Klassenzuordnung. Für eine formale Kartierung sollten Sie reziproke Klassen vergleichen, größere Stichproben untersuchen und bei möglichen Mehrfachereignissen Dreipunktkreuzungen oder geeignete Kartierungsfunktionen einsetzen.