ForHosting KIT · أدوات المطورين

حاسبة نسبة استخدام الكودون في الجين

تقيس هذه الحاسبة مقدار مساهمة كودون واحد في جميع الكودونات المرصودة التي ترمز إلى الحمض الأميني نفسه داخل الجين.

● Betaمجاني · داخل متصفحك

استخدمها من الويبAPIالبريدTelegramالتطبيق قريبًا

أدخلوا أعداد الكودونات وحددوا الكودون المستهدف، فتحصلون على النسبة المعيارية والنسبة المئوية والحمض الأميني والمجموعة المترادفة الكاملة المستخدمة في المقام. تقبل الحاسبة ترميز DNA وRNA، وتجمع الصفوف المكررة، وتعد الكودونات المترادفة المحذوفة صفرًا. وبذلك يمكنكم تلخيص انحياز الكودونات بصورة قابلة لإعادة الإنتاج من دون جدول بيانات أو جدول شفرة وراثية يُحدّث يدويًا.

معنى نسبة استخدام الكودون

ترمز عدة كودونات في كثير من الحالات إلى الحمض الأميني نفسه. تجيب نسبة الاستخدام عن سؤال محدد: ما حصة الكودون المختار من جميع الكودونات المرصودة لهذا الحمض الأميني في الجين؟ إذا احتوى الجين على 18 رصدًا للكودون TTT و12 رصدًا للكودون TTC، وكلاهما يرمز إلى الفينيل ألانين، كانت نسبة TTT مساوية لـ18 مقسومة على 30، أي 0.6. يقتصر الحساب على الحمض الأميني المعني ولا يشمل جميع كودونات الجين، ولذلك يصف التفضيل بين الكودونات المترادفة من دون أن يغير تركيب الأحماض الأمينية الأخرى المقام. تشير النسبة القريبة من الواحد إلى هيمنة الكودون المختار، بينما تدل النسبة القريبة من الصفر على ندرة استخدامه أو غيابه. تلخص هذه القيمة التركيب المرصود، لكنها لا تثبت وحدها الانتقاء أو كفاءة التعبير أو الدلالة الإحصائية. تحتاج هذه التفسيرات إلى مجموعة مرجعية مناسبة وسياق أحيائي. استخدموا أعدادًا مشتقة من إطار قراءة وتعريف جيني متسقين كي تظل المقارنة ذات معنى.

إعداد المدخلات وتفسيرها

أدخلوا كل كودون مرصود مع عدده الصحيح غير السالب، ثم حددوا الكودون المستهدف. تقبل الأداة حروف DNA مثل TTT وحروف RNA مثل UUU، ويُحوّل U إلى T في المخرجات. لا تؤثر حالة الأحرف أو المسافات الخارجية. إذا ظهر الكودون نفسه بعد التوحيد أكثر من مرة، تُجمع أعداده، وهذا مفيد عند ورود البيانات من مناطق أو دفعات منفصلة. لا يلزم إدراج جميع الكودونات المترادفة؛ فكل كودون مترادف محذوف يظهر بعدد صفر ويبقى ضمن النتيجة، مما يجعل المقام واضحًا. يجوز إدخال أعداد كودونات أحماض أمينية أخرى، لكنها لا تؤثر في النسبة المختارة. تستخدم الحاسبة الشفرة الوراثية القياسية وترفض كودون التوقف هدفًا لأنه لا يرمز إلى حمض أميني. كما ترفض مجموعة مترادفة مجموعها صفر، لأن القسمة على صفر لا تصف الاستخدام. راجعوا قائمة الكودونات المترادفة في النتيجة قبل مقارنة الجينات للتأكد من استخدام العائلة المقصودة.

استخدام النتيجة في تحليل انحياز الكودونات

تقع usage_fraction بين صفر وواحد، بينما تعبّر percentage عن القيمة نفسها بين صفر ومئة. تُعاد قيمة عدد الكودون المستهدف ومجموع الكودونات المترادفة مع النسبة، لكي تحتفظ التحليلات اللاحقة بالدليل الذي قام عليه الكسر. وهذا مهم لأن نسبًا متطابقة قد تستند إلى أحجام عينات مختلفة جدًا: فواحد من اثنين وخمسمئة من ألف يساويان 0.5، لكنهما لا يستحقان تلقائيًا درجة الثقة نفسها. في التحليل الاستكشافي، احسبوا نسبة كل كودون مترادف وقارنوا الأنماط بين الجينات أو الظروف أو الكائنات أو التسلسلات المصممة. حافظوا على ثبات افتراضات الشفرة الوراثية وإصدار التعليق وقواعد العد. وللتحقق، ينبغي أن يكون مجموع نسب عائلة مترادفة واحدة مساويًا للواحد عند استخدام الأعداد نفسها. سعر طلب API هو $0.002، ويمكن للمتصفح إجراء الحساب الحتمي نفسه محليًا. لا تدخل في العملية استعلامات شبكة أو عينات عشوائية أو قواعد بيانات خلفية أو ترددات مرجعية متغيرة.

حالات الاستخدام

تلخيص جين واحد

قيسوا ما إذا كان كودون مترادف محدد يهيمن داخل الجين أو يُستخدم نادرًا.

مقارنة تصميمات جينية

احسبوا نسبًا متوافقة للتسلسلات الأصلية والمعاد تصميمها باستخدام قواعد العد نفسها.

تدقيق جدول أعداد الكودونات

تحققوا من المقام المترادف والعناصر الصفرية قبل إجراء تحليل أوسع للانحياز.

الأسئلة الشائعة

ما الصيغة المستخدمة؟

يُقسم عدد الكودون المختار على مجموع أعداد جميع الكودونات التي ترمز إلى الحمض الأميني نفسه وفق الشفرة القياسية.

هل يمكن إدخال كودونات RNA؟

نعم. يُحوّل U إلى T، ولذلك يُعامل UUU وTTT بوصفهما الكودون نفسه.

ماذا يحدث عند غياب كودون مترادف؟

يُسند إليه عدد صفر. وتسرد المخرجات العائلة المترادفة الكاملة المستخدمة في الحساب.

هل يُسمح بصفوف كودونات مكررة؟

نعم. تُوحّد الكودونات المكررة وتُجمع أعدادها الصحيحة غير السالبة.

هل يمكن أن يكون الهدف كودون توقف؟

لا. يربط المقياس الكودون بحمضه الأميني، ولذلك تُرفض كودونات التوقف أهدافًا.

هل تثبت النسبة المرتفعة تعبيرًا مثاليًا؟

لا. فهي تصف الأعداد المقدمة فقط؛ وتتطلب استنتاجات التعبير والتكيف بيانات مرجعية وسياقًا أحيائيًا.

ما تكلفة طلب API؟

السعر هو $0.002 لكل طلب. ويمكن للصفحة أيضًا تنفيذ الحساب الحتمي نفسه محليًا داخل المتصفح.

للمطوّرين — الوصول عبر API

كل ما في هذه الصفحة متاح برمجيًا. هذا القسم موجّه للفرق التقنية التي تريد ربط الأداة بأنظمتها الخاصة؛ بقية المستخدمين يمكنهم استخدام الأداة أعلاه مباشرة دون الحاجة لقراءة ما يلي.

الـEndpoint

POSThttps://api.kit.forhosting.com/bio/codon-usage-fraction

صادِق على طلبك بترويسة Bearer، وأرسل طلب POST واحدًا لتدخل مهمتك قائمة التنفيذ فورًا؛ ثم تستلم النتيجة عبر webhook أو رابط موقّع.

استدعِ الخدمة من بيئتك

curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/codon-usage-fraction \
  -H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"codon_counts":[{"codon":"TTT","count":18},{"codon":"TTC","count":12},{"codon":"ATG","count":7}],"target_codon":"TTT"}'

const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/codon-usage-fraction", {
  method: "POST",
  headers: {
    "Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
    "Content-Type": "application/json"
  },
  body: JSON.stringify({
    "codon_counts": [
      {
        "codon": "TTT",
        "count": 18
      },
      {
        "codon": "TTC",
        "count": 12
      },
      {
        "codon": "ATG",
        "count": 7
      }
    ],
    "target_codon": "TTT"
  })
});
const { task_id } = await res.json();

import os, requests

res = requests.post(
    "https://api.kit.forhosting.com/bio/codon-usage-fraction",
    headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
    json={
    "codon_counts": [
        {
            "codon": "TTT",
            "count": 18
        },
        {
            "codon": "TTC",
            "count": 12
        },
        {
            "codon": "ATG",
            "count": 7
        }
    ],
    "target_codon": "TTT"
},
)
task_id = res.json()["task_id"]

<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/codon-usage-fraction", false, stream_context_create([
  "http" => [
    "method"  => "POST",
    "header"  => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
    "content" => '{"codon_counts":[{"codon":"TTT","count":18},{"codon":"TTC","count":12},{"codon":"ATG","count":7}],"target_codon":"TTT"}',
  ],
]));
$task = json_decode($res, true);

body := bytes.NewBufferString(`{"codon_counts":[{"codon":"TTT","count":18},{"codon":"TTC","count":12},{"codon":"ATG","count":7}],"target_codon":"TTT"}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/codon-usage-fraction", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)

مثال على الطلب

{
  "codon_counts": [
    {
      "codon": "TTT",
      "count": 18
    },
    {
      "codon": "TTC",
      "count": 12
    },
    {
      "codon": "ATG",
      "count": 7
    }
  ],
  "target_codon": "TTT"
}

مثال على الاستجابة

{
  "task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
  "type": "bio.codon_usage_fraction",
  "status": "queued",
  "_links": {
    "result": "/tasks/tsk_…/result"
  }
}

الواجهة غير متزامنة: تستلم task_id فور الإرسال، ويمكنك الاستعلام عن الحالة بمعدل طلب واحد في الثانية.

الأسعار

لكل طلب$0.002

السعر معلن كما تراه: لا tokens ولا نظام نقاط؛ وإن فشلت المهمة فلن تُحاسَب عليها.

الحدود

max_items 64

الأخطاء

HTTP	الرمز	المعنى
`401`	`unauthorized`	مفتاح الوصول مفقود أو غير صالح؛ تحقق من ترويسة Bearer في طلبك.
`402`	`insufficient_balance`	رصيدك لا يكفي لتنفيذ هذه المهمة؛ أعد شحن الرصيد ثم أعد المحاولة.
`404`	`unknown_type`	نوع المهمة المطلوب غير موجود في الكتالوج — راجع الاسم المرسل في الطلب.
`429`	`rate_limited`	تجاوزت الحد المسموح من الطلبات؛ انتظر قليلًا ثم أعد المحاولة.

اطّلع على توثيق KIT الكامل ←